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提速近10倍！基于深度学习的全基因组选择新方法来了******
近日，中国农业科学院作物科学研究所、三亚南繁研究院大数据智能设计育种创新团队联合多家单位提出利用植物海量多组学数据进行全基因组预测的深度学习方法, 可以实现育种大数据的高效整合与利用，将助力深度学习在全基因组选择中的应用，为智能设计育种及平台构建提供有效工具。相关研究成果发表在《分子植物（Molecular Plant）》上。
全基因组选择作为新一代育种技术，通过构建预测模型，根据基因组估计育种值进行早期个体的预测和选择，从而缩短育种世代间隔，加快育种进程，节约成本，推动现代育种向精准化和高效化方向发展。
统计模型作为全基因组选择的核心，极大地影响了全基因组预测的准确度和效率。传统预测方法基于线性回归模型，难以捕捉基因型和表型间的复杂关系。
相较于传统模型，非线性模型（如深度网络神经）具备分析复杂非加性效应的能力，人工智能和深度学习算法为解决大数据分析和高性能并行运算等难题提供了新的契机，深度学习算法的优化将会提高全基因组选择的预测能力。
该研究团队以玉米、小麦和番茄3种作物的4种不同维度的群体数据为测试材料，通过创新深度学习算法框架开发了全基因组选择新方法。
与其他五种主流预测方法相比，该方法有以下优点： 可以利用多组学数据开展全基因组预测；算法设计中包含批归一化层、回调函数和校正线性激活函数等结构，可以有效降低模型错误率，提高运行速度；预测精度稳健，在小型数据集上的表现与目前主流预测模型相当，在大规模数据集上预测优势更加明显；计算时间与传统方法相近，比已有深度学习方法提速近10倍；超参数调整对用户更加友好。
该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、海南崖州湾种子实验室和中国农业科学院科技创新工程等项目的支持。
学术支持
中国农业科学院作物科学研究所
记者
宋雅娟
彰化1个月爆4个鹌鹑场染禽流感 扑杀22万只鹌鹑******
中新网1月29日电 据台湾《联合报》报道，春节连假期间，台湾彰化县鹿港镇再传1个鹌鹑场感染新型H5N1亚型高病原性禽流感病毒，彰化县动物防疫所已在28日晚间，完成场内10.3万只鹌鹑扑杀清场及消毒工作。这是彰化县1个月来，第4场鹌鹑养殖场感染禽流感。
彰化县鹿港镇再传1个鹌鹑场感染新型H5N1亚型高病原性禽流感病毒，彰化县动物防疫所28日晚完成场内10.3万只鹌鹑扑杀清场及消毒工作。图片来源：台湾《联合报》 市场卖鹌鹑蛋业者表示，受鹌鹑感染禽流感影响，鹌鹑蛋每台斤(600克)从7、80元(新台币，下同)涨到130元左右。
彰化县去年全年共有21场鸡、鸭、鹌鹑禽流感感染案件，共扑杀29.1万只，今年1月则已有4场禽流感感染案件，包括二林土鸡场1.7万只、芳苑蛋鸡场1.2万只，均是H5N2，至于鹿港鹌鹑场2场分别有6.5万只、10.3万只均感染H5N1，合计扑杀数则达19.8万只。
彰化县动物防疫所所长董孟治表示，防治所在1月24日接获鹿港镇1场鹌鹑场主动通报，称场内鹌鹑有异常死亡情形，防疫所立即派员进行移动管制并采样送畜卫所检验，27日经家卫所确诊感染新型H5N1亚型高病原性禽流感病毒，防疫人员28日晚间在该鹌鹑场扑杀清场及消毒工作。
彰化县共有22场鹌鹑养殖场，过去未传出鹌鹑感染禽流感，但去年12月30日先是和美分别有两场感染，加上本月的两场共有4场，合计已扑杀22.8万只。据市场业者表示，受鹌鹑感染禽流感影响，鹌鹑蛋每台斤从7、80元涨到130元左右，行情很好。
（文图：赵筱尘 巫邓炎） [责编：天天中] 阅读剩余全文（）  视觉焦点
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